Dysregulace dlouhých nekódujících RNA u multiformního glioblastomu a jejich studium s využitím moderních molekulárně-genetických přístupů

Marek Večeřa, Jiří Šána, Romana Bútová, Štefan Reguli, Markéta Hermanová, Leoš Křen, Radim Lipina, Martin Smrčka, Ondřej Slabý

Abstrakt


Východiska: Glioblastom (GBM) je nejčastější primární nádor mozku, který je charakterizován nepříznivou prognózou i navzdory veškeré dostupné léčbě. Z tohoto důvodu je vynaloženo mnoho finančních prostředků a úsilí do výzkumu nových prognostických a prediktivních biomarkerů či terapeutických cílů. Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou regulátory genové exprese, které hrají významnou roli v patologii GBM, a zdají se proto být vhodnými kandidáty ke studiu. Materiál a metody: Naše studie zahrnovala 14 pacientů s GBM a 8 pacientů s intraktabilní epilepsií, kterým byla odebrána mozková tkáň v rámci epileptochirurgických výkonů. rRNA-depletovaná RNA byla použita na sekvenování pomocí přístroje NextSeq 500 (Illumina). Statistickou analýzou bylo vyhodnoceno 24 087 mRNA a 8 414 lncRNA a jejich sekvenčních variant s nenulovým RPKM alespoň v jednom vzorku. Pro mapování sekvencí na referenční genom a součet čtení připadajících na cílovou sekvenci byl použit CLC genomic workbench. Cílené utlmení zvýšené exprese ZFAS1 bylo provedeno pomocí tranzientní transfekce specifických siRNA do stabilních GBM linií (A172, U87MG, T98G). Úspěšnost transfekce byla ověřena prostředníctvím qRT-PCR a vliv na viabilitu pomocí MTT assay. Výsledky: Statistickou analýzou bylo objeveno 274 (P < 0,01) lncRNA dysregulovaných ve tkáňových vzorcích GBM v porovnání s nenádorovými mozkovými tkáněmi. Sekvenování taktéž odhalilo 489 dysregulovaných mRNA s P hodnotou nižší než 0,001 a 26 mRNA s P hodnotou nižší než 0,000001. Transfekce inhibitoru ZFAS1, jedné z identifikovaných lncRNA, vedla k úspěšnému utlmení hladiny ZFAS1, které ovšem nemělo vliv na snížení míry proliferace buněčných linií. Závěr: Popsali jsme významnou dysregulaci lncRNA a mRNA ve tkáních GBM v porovnání s nenádorovou tkání. Dále jsme úspešně utlumili hladinu ZFAS1, což ovšem nemělo vliv na proliferaci glioblastomových buněk.

Klíčová slova


Glioblastom; Dlouhé nekódující RNA; Transfekce; Sekvenování nové generace

Full Text:

PDF

Na tento článek odkazuje

  • Aktuálně neexistují žádné citace.